Fosforipitoisuudella mitataan vedessä olevan fosforin kokonaismäärää. Fosforipitoisuus on erittäin tärkeä järven rehevyystason arvioinnissa. Se on yleensä myös perustuotannon minimitekijä, toisin sanoen ravinne, joka rajoittaa ja siten säätelee levien määrää. Fosforipitoisuus ilmoitetaan yksikössä µg/l (1 mg = 1000 µg). Fosforipitoisuus mitataan 1 m syvyydestä otetusta näytteestä.
Fosforipitoisuus jakautuu järvessä vertikaalisesti siten, että pintavedessä on pääsääntöisesti alempi pitoisuustaso kuin pohjalla, sillä sedimentoituva aines vie fosforia alusveteen. Terveessä järvessä, jossa ei ole alusveden happiongelmia, fosfori pidättyy sedimentoituessaan pohjalietteeseen eikä alusveden pitoisuustaso nouse kovin voimakkaasti. Mitä suuremmaksi päällysveden fosforipitoisuus kohoaa, sitä voimakkaampaa levätuotanto voi olla. Tuotannon lisääntyminen näkyy hapenkulutuksen voimistumisena sekä veden samentumisena. Myös veden pH voi kohota jopa voimakkaan emäksiseksi pintavedessä levätuotannon ollessa hurjimmillaan.
Fosforipitoisuuden perusteella voidaan arvioida järven rehevyystasoa seuraavasti. Karuissa vesissä fosforipitoisuus on alle 12 µg/l, lievästi rehevissä vesissä 12-30 µg/l, rehevissä vesissä 30-50 µg/l ja erittäin rehevissä vesissä 50-100 µg/l.