Klorofyllipitoisuus (klorofylli-a) mittaa lehtivihreällisten planktonlevien runsautta vedessä. Tulos on suoraan verrannollinen levän määrään ja siten järven rehevyystasoon. Koska levien määrä vaihtelee varsin paljon kesän kuluessa mm. säätekijöiden takia, määritys tulee tehdä useampaan kertaan kesän aikana. Ekologisen luokituksen mukaisesti klorofyllipitoisuuden määritys tulee tehdä vähintään kaksi kertaa kesässä (heinä- ja elokuu). Näyte otetaan kokoomanäytteenä 0-2 metrin vesipatsaasta. Merialueilla kokoomanäytteeksi otetaan tuottavan vesikerroksen paksuus (näkösyvyys x 2).
Klorofyllipitoisuuden perusteella voidaan arvioida järven rehevyystasoa seuraavasti. Karuissa vesissä päällysveden keskimääräinen klorofyllipitoisuus on alle 4 µg/l, lievästi rehevissä vesissä 4-10 µg/l, rehevissä vesissä 10-20 µg/l ja erittäin rehevissä vesissä 20-50 µg/l.