Pysyvillä toimijoilla on yleensä tietty perusrahoitus esimerkiksi jäsenmaksujen tai kalastuslupien myynnin kautta. Varsinaisen jäsenmaksun lisäksi yhdistys voi kerätä kannatusjäsenmaksua, joka on yleensä varsinaista jäsenmaksua suurempi. Perusrahoitus on harvoin riittävä vesistökunnostustoimien toteuttamiseen, vaan tarvitaan lisärahoitusta. Useimmiten lisärahoitusta haetaan erilaisista avustuksista. Hankeavustusta saa harvoin täysimääräisenä, vaan hakijalta edellytetään myös omarahoitusta.
Omarahoituksen ehdot vaihtelevat rahoittajakohtaisesti ja ne kannattaa selvittää huolella. Esimerkiksi Leader-rahoituksessa mahdollinen kuntarahoitus pienentää avustusosuutta eikä kasvata omarahoitusta, koska kunnat osallistuvat jo Leaderin perusrahoitukseen. Joissain rahoitusmuodoissa omarahoitusosuuden voi kattaa vaikka kokonaan talkootyöllä (laskennallinen hinta yleensä 15 €/tunti). Tehty talkootyö tulee huolella dokumentoida rahoittajan ohjeiden mukaisesti. Jotta talkootyö voidaan huomioida hankkeen omarahoituksena, on se hakemusvaiheessa pitänyt kirjata myös hankkeen kustannukseksi, jolloin sitä vastaan saa myös avustusta.
Yksityinen rahoitus kertyy usein monista pienistä lähteistä. Ensimmäiseksi sponsorirahoitusta kannattaa kysellä vesistön vaikutuspiirissä olevilta paikallisilta asukkailta ja toimijoilta. Osakaskunnat ja kalastusalue voivat rahoittaa pieniä, erityisesti kalavesien hoitoa edistäviä hankkeita, tai osallistua isompien hankkeiden omarahoitukseen. Tukea kannattaa kysyä paikallisilta yrityksiltä, pankeilta ja säätiöiltä. Tuki voi olla myös muuta kuin rahaa esim. konetyötä, materiaaleja tai mainostilaa lehdessä. Vastikkeeton rahankeruu vaatii aina luvan, joka haetaan Poliisihallitukselta ennen rahankeräyksen aloittamista.
Varainkeruuseen voi yhdistää erialaisia tempauksia, tapahtumia, tuotemyyntiä ja muita rahankeruutapoja, jotka usein myös tuovat positiivista julkisuutta työlle. Kaikki yleishyödylliset yhdistykset voivat käytännössä tehdä aivan samanlaista varainhankintaa kuin esimerkiksi koulut ja urheilujoukkueet tekevät. Lahjoitukset ja avustukset ovat yleishyödylliselle yhdistykselle verovapaita tuloja. Sellaiset yhdistykset, jotka eivät täytä yleishyödyllisen yhteisön kriteerejä, joutuvat kuitenkin maksamaan saamastaan tuotostaan tuloveroa, sillä varainhankinta katsotaan siinä tapauksessa elinkeinotoiminnaksi. Myös yleishyödylliseltä yhdistykseltä peritään tulovero, jos varainkeruu täyttää elinkeinotoiminnan tunnusmerkkejä kuten voiton tavoittelu, toiminnan säännöllisyys ja laajuus sekä toimintaa varten palkattu henkilökunta.