Useimmiten työt saadaan liikkeelle hankeavustuksilla. Hankeavustuksien ehdot vaihtelevat eri rahoittajilla. Ennen hakemuksen jättämistä onkin syytä huolella perehtyä rahoitusehtoihin ja hakuilmoitukseen. Tarvittaessa voi esimerkiksi soittaa rahoittajalle ja varmistaa kyseisen rahoitusvälineen erityiset ehdot. Yksityiskohtaiset ohjeet tulevat yleensä rahoituspäätöksen liitteenä. Avustushakemus on tärkeää toimittaa määräaikaan mennessä, mikäli sellainen on määritelty. Avustushakemuksen voi allekirjoittaa toimijan nimenkirjoitusoikeuden omaava henkilö ja yleensä liitteeksi vaaditaan muistio kokouksesta, jossa avustuksen hakemisesta on päätetty. Yleensä hakemusta voi täydentää tarvittaessa vielä sen jättämisen jälkeenkin ja rahoittaja voi myös pyytää lisätietoja ennen rahoituspäätöksen tekemistä.
Avustuksien hakeminen edellyttää oikeustoimikelpoista hakijaa, joka voi olla esim. jo toimiva kyläyhdistys tai osakaskunta tai kunnostusprosessia varten perustettu järven suojeluyhdistys. Hankeavustusta ei yleensä myönnetä hakijan pysyvän tai sääntöjen mukaisen toiminnan rahoittamiseen, vaan hankkeena rahoitettavalla toiminnalla on selkeä alku ja loppu tai hankkeessa kehitettävä toiminta rahoitetaan jatkossa muuten kuin hankevaroilla.
Jokaisella rahoittajalla on pääsääntöisesti oma toimintaohjelma, jonka mukaisia toimia he rahoittavat tai rahoituksen käyttötarkoitus määritellään avustuslainsäädännössä. Hankesuunnitelmaa tehtäessä kannattaakin huolella tutustua rahoitusvälineen toimintaohjelmaan ja pyrkiä suunnittelemaan hankkeen toimet niin, että ne mahdollisimman hyvin toimintaohjelman tavoitteita tukevat. Esimerkiksi ELY-keskusten harkinnanvaraiset avustukset suunnataan erityisesti vesienhoitosuunnitelmien mukaisten toimenpiteiden toteuttamiseen ja tukiprosentti on yleensä korkeampi niissä hankkeissa, jotka kohdistuvat hyvää huonommassa tilassa olevien vesistöjen kunnostamiseen. Hakemuksessa kannattaa tuoda myös esiin, jos hanke tukee muuta suunnittelua esim. maakuntakaavan määräyksiä tai kansallisen vesien kunnostusstrategian tavoitteita.
Avustuksen saa vasta maksettuja kuitteja vastaan ja hakijan onkin hoidettava hankkeelle väliaikainen rahoitus laskujen maksamista varten. Julkisesti rahoitetuissa hankkeissa tulee huomioida, että ostopalvelut tulee aina kilpailuttaa tai ainakin tehdä hintavertailu ennen hankintaa.
Rahoittajat
Leader –rahoituksella tuetaan usein kunnostushankkeiden suunnittelua, tarvittavia investointeja ja myös toteutustoimia. Tuki on yleensä 50-90 prosenttia kustannuksista. Haku on yleensä jatkuva ja seuraava hakemusten käsittelyaika selviää yleensä Leader-toimintaryhmän kotisivuilta. Laajempiin hankkeisiin Maaseuturahaston tukea haetaan suoraan ELY-keskuksesta.
ELY-keskusten Y-puolen harkinnanvaraisilla avustuksilla tuetaan vesienhoitosuunnitelmien toimenpiteiden toteuttamista. ELY-keskusten kalatalouden edistämisen avustuksilla tuetaan mm. kalojen kulkua estävien patojen purkua ja jokien kalataloudellisia kunnostuksia. Tuki yleensä enintään 50 prosenttia ja hakuaika loppuvuodesta. Muunakin aikana hakemuksen voi jättää, mutta määräaikaan mennessä tulleet hakemukset käsitellään ensin.
Metsäkeskuksen Kemera-tuella voidaan tehdä vesiensuojelurakenteita pääasiassa metsätalouden aiheuttaman kuormituksen vähentämiseksi. Tuki voi olla jopa 100 prosenttia. Tukea voidaan myöntää vain useamman tilan yhteisiin hankkeisiin. Tukea ei voi hakea suoraan vaan hankevalmistelusta vastaa Metsäkeskus.
Ympäristökorvausta voivat hakea viljelijät viljelyn ympäristövaikutuksia vähentäviin toimiin ja mm. kosteikkojen rakentamiseen ja ylläpitoon. Tuki kosteikkoihin ja maisemanhoitoon on tietyin ehdoin mahdollista myös rekisteröityneille yhdistyksille ja vesioikeudellisille yhteisöille.
Kunnat voivat harkintansa mukaan tukea paikallisia hankkeita joko rahalla tai myöntämällä edullista lainaa hankkeen toteutusajalle. Kunnat voivat osallistua hankkeisiin myös virkatyöllä tai tarjoamalla esim. mittauspalveluita tai materiaaleja.
Hankerahoittajia on tässä nimettyjen lisäksi lukuisia muita EU:ta myöden. Usein nämä hankeavustukset soveltuvat kuitenkin paremmin isompien toimijoiden tai useiden toimijoiden yhteishankkeisiin.