Yksi suurimmista haasteista paikallisten vesienhoitotoimien edistämisessä on rahoituksen järjestäminen niin toimien suunnittelulle, toteuttamiselle kuin toimien vaikuttavuuden seurannalle. Eri rahoitusmuotojen selvittäminen ja omaan tarpeeseen sopivien rahoituskanavien löytäminen vaatii sinnikkyyttä. Harvoin rahoitus tulee vain yhdestä lähteestä, vaan useimmiten eri rahoitusmuotojen yhdistelmänä. Apua sopivan rahoituskanavan löytämiseen saa mm. verkkosivuilta, neuvontaorganisaatioilta ja suoraan rahoittajilta.
Useimmiten työt saadaan liikkeelle hankeavustuksilla. Hankkeiden hallinnointi vaatii kuitenkin hakijalta hyvää organisoitumista ja vakavaraisuutta. Mikäli toimijan resurssit eivät riitä oman hankkeen pyörittämiseen, kannattaa tehdä aktiivista yhteistyötä mm. oppilaitosten, tutkimuslaitosten, neuvontaorganisaatioiden ym. hankkeita toteuttavien toimijoiden kanssa. Isojen toimijoiden hankkeisiin sisältyy usein käytännön toimia tai uusien menetelmien testausta, joihin tarvitaan pilottikohteita. Pilottikohteena toimen toteutuksen tai vaikutusten seurannan voi saada jopa ilmaiseksi tai järjestely- ja talkootyöpanosta vastaan.
Kaikkeen toimintaan ei aina edes tarvita rahoitusta, vaan paljon voi tehdä myös talkoilla!