Varsinainen kunnostus tehdään suunnitelmien ja mahdollisten lupapäätösten mukaisesti. Rakennustyöt kannattaa kilpailuttaa ja hinnan lisäksi kysyä myös urakoitsijan referenssejä aiemmista vastaavista töistä. Jos työt rahoitetaan julkisella tuella, tulee tarjouksia pyytää ainakin kolmelta eri urakoitsijalta. Kustannuksissa voi usein säästää tekemällä osan töistä talkoilla ja pyytämällä esim. materiaaleja lahjoituksina. Talkoissa tulee muistaa talkootyövakuutus ja kerätä nimilistat kaikista talkoolaisista omarahoituksen todentamiseksi.
Työn aikana on tärkeää dokumentoida eri työvaiheet valokuvaamalla ja mahdollisesti keräämällä käytettyjä materiaaleja talteen. Dokumentointi auttaa mahdollisten erimielisyyksien selvittämisessä ja on myös hyvää materiaalia rahoittajalle tehtävään raporttiin. Esimerkiksi niittohankkeissa valokuvaus auttaa seuraamaan muutoksia vesikasvien määrässä, levinneisyydessä ja lajikoostumuksessa. Usein on tarpeen myös seurata rakentamisen työnaikaisia vaikutuksia esim. kaivuualueen alapuolisen vesistön vedenlaatuun.