Järvissä kalakannan rakennetta ja särkikalojen runsautta arvioidaan standardinmukaisilla verkkokoekalastuksilla. Koekalastuksissa käytetyissä NORDIC-yleiskatsausverkkoissa on kussakin 12 eri solmuväliä (5-55 mm). Tavanomaisesti käytettyjä verkkoja pienemmät solmuvälit antavat tutkimuksellisesti arvokasta tietoa järven kalastosta. Riittävä pyyntiponnistus määräytyy järven pinta-alan ja syvyyden perusteella.
Verkkokoekalastuksia toteuttavat mm. vesiensuojeluyhdistykset ja muut alan toimijat. Koekalastus on tehtävä heinä-elokuussa, jolloin kalat ovat mahdollisimman tasaisesti järven eri osissa. Mikäli järveen suunnitellaan kunnostustoimia, koekalastus olisi syytä toteuttaa ennen ja jälkeen toimenpiteitä.
Monissa tapauksissa särkien määrästä ollaan turhaan huolissaan. Esimerkiksi kirkasvetisissä järvissä laiturin päästä näkyvä särkiparvi ei ole välttämättä syy aloittaa hoitokalastustoimia. On täysin normaalia, että myös hyvässä tilassa olevassa järvessä on lukumääräisesti eniten pienikokoisia kalayksilöitä, myös särkikaloja. Mikäli järvessä havaittaisiin olevan yksinomaan suuria ja vanhoja kalayksilöitä, olisi se merkki kalojen lisääntymishäiriöstä. Yleensä suurimmat särkikalatiheydet ovat järvissä, joissa kaloja ei sameuden takia pystytä edes näkemään. Näissäkin tapauksissa verkkokoekalastus antaa parhaan yleiskuvan järven kalastosta, ja etenkin ahven- ja särkikalojen välisistä runsaussuhteista.
Kalaston ekologinen tila
Standardinmukaisen koekalastuksen tulosta on mahdollista verrata vastaavantyyppisten järvien koekalastustuloksiin. Merkittävä osa Suomen järvistä on luokiteltu niiden ekologisen tilan perusteella. Ekologisen tilan luokittelu perustuu biologisiin tekijöihin, joista kalaston rakenne on yksi. Verkkokoekalastuksen tuloksista keskeisimpiä ovat yksikkösaalis (sekä biomassa että saaliin lukumäärä) ja särkikalojen biomassaosuus. Kalastoperusteisessa ekologisessa luokittelussa koekalastuksen yksikkösaalistietoja verrataan järvityyppikohtaisiin vertailuarvoihin. Suomen järvet on tyypitelty ominaisuuksiensa (morfologia ja vedenlaatu) perusteella kahteentoista erilaiseen järvityyppiin. Keskeisimpiä tyypittelytekijöitä tässä työssä ovat mm. järven koko ja humuspitoisuus. Kullekin järvityypille on laskettu niissä tehtyjen verkkokoekalastusten avulla vertailuarvot, johon yksittäisen järven koekalastustuloksia verrataan. Ekologisen luokittelun asteikko on viisipykäläinen (huono – välttävä – tyydyttävä – hyvä – erinomainen). Kaikkien sisävesien tavoitetasona on vähintään hyvä ekologinen tila. Rehevöityminen lisää lähtökohtaisesti järven kalamäärää, ja erityisesti särkikalojen runsautta. Mikäli koekalastussaaliin runsaus ylittää järvityyppikohtaiset vertailuarvot selvästi, kalastoperusteinen ekologinen tila voi olla jopa huono. Tällaisissa tapauksissa särkikalojen määrän vähentämiseen voidaan pyrkiä biomanipulaation, kuten hoitokalastuksen kautta.