Vesistökunnostusta suunniteltaessa tulee aina huomioida hankkeen luonto-ja ympäristövaikutukset. Viranomainen usein myös lupamenettelyssä niiden selvittämistä edellyttää. Jotta hankkeen tai suunnitelman vaikutuksia voidaan arvioida, on oltava tieto nykytilanteesta ja sen kehityksestä ennen hankkeen tai suunnitelman toteuttamista. Vaikutusten arviointia varten tehtävässä luontoselvityksessä selvitetään ainoastaan niitä luonnonoloja, jotka ovat hankkeen ennakoitujen vaikutusten kannalta oleellisia. Luontoselvitys voidaan tehdä myös osana kunnostussuunnitelmaa.
Luontoselvityksissä on huomioitava oikea selvitysajankohta. Esimerkiksi viitasammakolla kartoitus on suoritettava kutuaikaan huhti-toukokuussa. Käytännössä aikaa on muutama viikko. Osalla lajeista selvitysaikaa voi olla kuukausia, mutta käytännössä luontoselvityksiä tehdään ainoastaan kesäaikaan. Direktiivilajien selvitystarve on hyvä tunnistaa ajoissa, jotta hankkeen viivästymiseltä vältyttäisiin.
Luontoselvityksien tekemiseen on vakioituja menetelmiä ja työtapoja, ja tekijän tuleekin olla niihin perehtynyt ja omata riittävän lajiston tuntemuksen.
Kunnostustoimintaa säätelee useimmiten vesilaki. Muita toimintaan mahdollisesti vaikuttavia lakeja ovat ympäristönsuojelulaki, luonnonsuojelulaki, kalastuslaki sekä maankäyttö- ja rakennuslaki. Neuvoja kannattaa kysyä hyvissä ajoin paikallisesta Ely-keskuksesta.