Toteutettavat kunnostustoimet valitaan tehdyn yleissuunnitelman ja maanomistajaneuvotteluiden pohjalta. Useimmiten ensin on järkevää pyrkiä vähentämään valuma-alueelta järveen tulevaa kuormitusta, ja kun se on saatu tavoitetasolle, käynnistetään kunnostustoimet myös järvessä. Toimia voidaan tehdä myös rinnakkain.
Kunnostustoimien etenemistä ja aikataulua ohjaa usein rahoituksen hankkiminen, maanomistajalupien saaminen ja mahdollisten tarkempien selvitysten, esimerkiksi viitasammakot ja muut suojeltavat lajit, tekeminen sekä lupien hakeminen. Varsinaiset toteutuksen tarkemmat suunnitelmat kannattaakin tehdä vasta sitten, kun toimien toteuttamisen perusedellytykset ovat kunnossa. Jo yleissuunnitelmaa tehtäessä ja sen valmistuttua on tärkeää käydä avointa keskustelua tarvittavista toimista ja sitouttaa niin maanomistajia kuin rahoittajiakin suunnitelman toteuttamiseen.
Prosessiin tulee varata riittävästi aikaa. Esimerkiksi viitasammakkokartoituksia tehdään vain kerran vuodessa keväällä sammakoiden kutuaikaan. Useimmissa rahoituksissa hakuaika on vain kerran vuodessa ja hakuajan päättymisen jälkeenkin päätösten saamiseen menee yleensä useita kuukausia. Mikäli kunnostustoimet tarvitsevat lupia, tulee myös lupahakemusten käsittelyyn varata aikaa.