Yleensä kaikissa hankkeissa konkreettinen toiminta alkaa suunnitelman laatimisella. Suunnitelman laajuus ja sisältö muotoutuvat sen mukaan, kuinka paljon vesistöstä jo tiedetään ja kuinka suurta muutosta tavoitellaan. Karkeasti voidaan sanoa, että kaikki käsin tehtävää kunnostusta suuremmat toimet vaativat suunnittelua. Hyvä suunnitelma auttaa hahmottamaan kustannustehokkaimmat toimet ja toimii käsikirjoituksena koko kunnostusprosessin ajan. Suunnitelma myös auttaa erilaisten hankeavustusten hakemisessa ja on myös hyvä apuvälinen hankkeesta viestimiseen. Kaikki keskeiset tahot ja maaomistajat olisi hyvä saada mukaan jo suunnitteluprosessin alkuvaiheessa, jotta suunnittelu palvelee heidän tarpeitaan ja myös mahdolliset toteuttamisesteet havaitaan ajoissa ja voidaan huomioida suunnittelussa.
Kunnostuksen suunnittelu alkaa olemassa olevien tietojen keräämisellä niin vedenlaadusta, kalastosta kuin alueen maankäytön ja kuormitustekijöiden muutoksista. Usein järvellä vuosikymmeniä liikkuneiden havainnot ja esimerkiksi valokuvat auttavat hahmottamaan järven tavoitetilaa, muutosnopeutta ja muutokseen vaikuttaneita tekijöitä. Virallisia vedenlaadun mittaustuloksia voi katsoa maksutta ympäristötiedon hallintajärjestelmä Hertasta. Järven tilaan vaikuttaa paitsi järven yläpuolisen vesistöalueen tila myös järven oman lähivaluma-alueen aiheuttama kuormitus. Toimet tuleekin yleensä kohdentaa koko valuma-alueelle. Valuma-alueen voi määrittää helposti Value -valuma-alueen rajaustyökalulla.
Varsinaisen yleiskunnostussuunnitelman tekee yleensä asiantuntijakonsultti. Yleiskunnostussuunnitelman tekemiseen voi hakea tukea esimerkiksi Leader-toimintaryhmältä tai Ely-keskusten harkinnanvaraisista avustuksista. Yleiskunnostussuunnitelma maksaa suunnitelman laajuudesta ja yksityiskohtaisuudesta riippuen 5000-20000€. Leader-avustusta voi yleensä saada 70-80 prosenttia ja Ely:n avustusta 50 prosenttia yleiskunnostussuunnitelman hinnasta. Ison osan omarahoituksesta voi yleensä kattaa talkootyöllä (laskennallinen hinta 15 €/tunti). Avustuksen saa kuitenkin vasta maksettuja kuitteja vastaan ja yhdistyksen onkin hoidettava hankkeelle väliaikainen rahoitus laskujen maksamista varten. Koska tuki on julkista, tulee asiantuntijakonsultti valita julkisen tarjouskilpailun pohjalta.
Yleiskunnostussuunnitelman sisältö tulee määritellä tarjouspyynnössä mahdollisimman selkeästi, jotta saatavat tarjoukset ovat vertailukelpoisia ja suunnitelma riittävä hankkeen eteenpäin viemistä varten. Yleiskunnostussuunnitelmassa ei vielä tehdä yksityiskohtaisia rakennussuunnitelmia tai kustannuslaskelmia yksittäisille toimille, vaan ne tehdään yleensä vasta siinä vaiheessa, kun valituille toimille on maanomistajaluvat ja rahoitus kunnossa. Neuvottelut maanomistajien kanssa kannattaakin aloittaa jo ennen kuin edes suunnittelua on tilattu ja osallistaa maanomistajat suunnitteluun mukaan. Yleiskunnostussuunnitelman sisältö määräytyy kohteen mukaisesti, mutta voi sisältää esimerkiksi seuraavia asioita:
Nykytilanteen ja muutoshistorian kartoitus
- Yhdistys voi auttaa tietojen keräämisessä ja kerätä samalla talkootunteja omarahoitukseen
- Selvitys järven ja siihen laskevien ojien vedenlaadusta sekä järven vedenkorkeuden vaihtelusta (aiemman data kerääminen, täydentävä näytteenotto ja datan käsittely)
- Selvitys järven kuormitushistoriasta ja nykyisestä kuormituksesta, tehdyistä kunnostustoimista ja aiemmista selvityksistä
- Selvitys alueen luonto- ja suojeluarvoista
Kuormitusselvitys ja yleiskunnostussuunnitelma
- Selvitys mistä kuormitus tulee, paljonko sitä tulee vähentää haluttujen vaikutusten saamiseksi, arvio järven sisäisestä kuormituksesta ja kunnostuksen tavoitetilan asettaminen
- Yleissuunnitelma mahdollisista toimista ja toimien priorisointi kustannustehokkuuden mukaan
- Arvio eri kunnostustoimien toteutuskustannuksista
- Tarvittessa esimerkiksi korkomittauksia tai vesinäytteenottoa
Muut toimet
- Maanomistajien tarpeiden ja toiveiden kuuleminen sekä tiedon jakaminen esimerkiksi pellon kasvukunnon parantamisesta tai kestävän metsätalouden menetelmistä
- Yleisötilaisuus suunnitelman esittelemiseksi asukkaille ja mahdolliset työpajat maanomistajien sitouttamiseksi ja heillä olevan kokemusperäisen tiedon keräämiseksi